Svaka čakra, kao suptilna materija, na fizičkom planu predstavlja se kao jedna endokrina žlijezda, baš kao što se ‘nadišla’ materijalizira kao živčani sustav. Neki smatraju da fizička živčana vlakna i endokrine žlijezde ne traba miješati sa čakrama. Ali, nije ispravno ni razdvojiti endokrini sustav od čakri pošto se one jednostavno nadovezuju i upravljaju tim sustavom. Ne može se tvrditi da je suptilna anatomija izravno povezana s fizičkom, jer bi to dovelo do iskrivljenja predstave o čovjeku. Postoje izvjesne razlike o tome gdje se čakre nalaze, s izuzetkom čakre krune i čela. Umjesto iznad prednjeg dijela tijela (zapadnjačka koncepcija) preostalih pet čakri smještene su 2.5 cm iznad leđne površine fizičkog tijela duž kralježnice.
To se dogodilo tako što su astralni fizičari, kroz iluziju da ih jasno ‘vide’, čakre predstavljali ispred torza umjesto duž evolutivne staze kralježnice. Također, čakra slezene, mada od životne važnosti, ne računa se kao jedna od glavnih. Raniji autori, pošto su je uključili, našli su za shodno da izostave neku drugu čakru u namjeri da održe broj sedam.
Spomenuli smo da postoji 21 manja čakra. Ovim centrima kod prosječne i naprednije osobe, upravljaju dejstva glavnih čakri i na njih djeluju preko najbližeg centra snage. U slučajevima neaktivnosti glavne čakre možda bi bilo potrebno da se djeluje izravno preko manjih. One trebaju se nalaze na sljedećim mjestima: jedna ispred svakog uha, jedna ispred svake bradavice na grudima, jedna tamo gdje se sreću ključne kosti, jedna na dlanu svake ruke, jedna na tabanu svakog stopala, jedna baš iza svakog oka, jedna za svaku gonade (spolnu žlijezdu), jedna blizu jetre, dvije iznad povezane sa slezenom, jedna iza svakog koljena, jedna blizu štitnjače i jedna blizu trbuha.