Postoji mnogo različitih načina za čišćenje kristala. Vrlo je važno da svoje kristale redovito čistite, zbog štetne energije koja se na njima nakupila. Ako određeni kristal, kao što je ametist držimo na sunčevoj svjetlosti – on će izblijediti. Da bi zadržao svoje prirodne nijanse, ametist mora stajati dalje od izvora jake sunčeve svjetlosti. Čišćenje kristala pomoću mjesečeve svjetlosti traje nekoliko dana, tj. kristal treba da je izložen određenim mjesečevim fazama, od mladog mjeseca do punog mjeseca. Nekim kristalima neće prijati čišćenje u vodi, dok će nekima odgovarati da budu potopljeni u svježoj vodi. Neke kristale treba čistiti pod mlazom tekuće vode i nježno istrljati čistom četkicom za zube. Štetnu energiju sa kristala također možemo očistiti tako što ćemo ih kaditi s tamjanom ili nekim biljem, poput lavande, kadulje i kadulje. Čišćenje kristala se može obavljati pomoću sunčeve i mjesečeve svjetlosti. Jedan od načina je i čišćenje u morskoj vodi, a kao zamjenu možete koristiti i običnu vodu u koju je stavljena morska sol. Određeni kristali se mogu čistiti i u zemlji. Jedna manje poznata metoda je i čišćenje kristala u posudi u kojoj stoji smeđi integralna riža.